1642年，五世达赖派遣伊喇固克散呼图克图等代表到盛京(今沈阳)，清太宗皇太极以极隆重礼节迎请。1652年(顺治九年)，五世达赖应顺治皇帝的邀请，赴北京朝贺……
清朝对西藏的管辖，主要体现在3个方面。
1、是五世达赖赴京朝觐，清帝册封达赖喇嘛。
1642年，五世达赖派遣伊喇固克散呼图克图等代表到盛京(今沈阳)，清太宗皇太极以极隆重礼节迎请。1652年(顺治九年)，五世达赖应顺治皇帝的邀请，赴北京朝贺，顺治皇帝亲至南苑迎接，并令亲王、郡王依次设宴隆重款待，还特别修建黄寺作为五世达赖驻锡之所。第二年，在五世达赖返藏途中，顺治帝派专人前往颁发金册金印，册封五世达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。自此，“达赖喇嘛”的封号被正式确定下来。此后，历代达赖都必须经中央政府册封遂成定制。清朝对达赖喇嘛的册封，进一步明确了清朝在西藏地方的主权。1713年(康熙五十二年)，清朝派使者进藏，封第五世班禅罗桑意希为“班禅额尔德尼”，从此“班禅额尔德尼”的封号也被确定下来。
2、是调整西藏地方管理体制
18世纪20年代，清朝采取一系列措施，调整西藏地方的管理体制，加强对西藏地方的直接管理。首先废除了独揽地方大权的西藏第斯(意即藏王)职位，设立4名噶伦管理政务，这是原西藏地方政府噶伦体制的最早雏形。1727年，清朝开始派遣大臣进藏，协同达赖喇嘛管理西藏事务。同年，4名噶伦之间发生内乱，清朝派兵入藏，平息了内乱，恢复了西藏地方秩序。1750年(乾隆十五年)，总理西藏事务的郡王居美朗吉阴谋叛乱，被清朝驻藏大臣所杀。第二年，清朝中央政府派四川总督策楞率兵进藏，处理西藏善后事宜，颁发西藏善后章程十三条，废除郡王掌政制度，正式设立噶厦政府，规定4名噶伦由三俗一僧出任，地位平等，秉承达赖喇嘛和驻藏大臣的指示，共同处理西藏地方事务。这就是原西藏地方政府噶厦的由来。
3、是订立善后章程二十九条和建立金瓶掣签制度。
为了整顿西藏地方的管理法规，1793年，经乾隆皇帝亲自审订，清朝政府正式颁布了著名的“钦定藏内善后章程”二十九条，在政治、经济、对外关系等方面制定了一系列规定，并以法律形式予以确定。章程中设立了金本巴瓶掣签制度，规定了达赖喇嘛、班禅以及其他大活佛转世的程序。自此以后，达赖、班禅的转世必须以清朝颁发的金本巴瓶抽签决定，并由驻藏大臣主持坐床典礼，达赖喇嘛和班禅只有在中央政府的领导下才能确定自己的身份与在宗教、政治上的权威和地位。章程二十九条的颁行，大大加强了中央政权对西藏地方的管理，密切了祖国各族人民之间的联系，稳定了西藏的政局。